Plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact il y a onze ans .
Pour les combattre, La Nerv,un organisation secréte met au point une arme appelée aussi Eva, un robot géant piloté.
Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, mais il ne se rend pas compte combien il compte pour l'humanité.
