En 1969, alors que le Japon est en pleine croissance économique, on découvre que le pays est menacé par des extra-terrestres appellé Envahisseurs, infiltrés parmi la population depuis la fin de la guerre.L'AEGIS, une organisation secrète, est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs.
Pour cela ils emploient des "Gate Keepers", individus possédant un pouvoir psychique permettant d'ouvrir des portails inter-dimensionnels pour y puiser une énergie considérable.
Le lycée Tategami, à Tokyo, sert de couverture au quartier général japonais d'AEGIS,Son proviseur
étant le commandant en chef de l'AEGIS.




